Auto-entrepreneur : quels sont vos droits en cas d'arrêt maladie, de travail et d'invalidité ?

Vous exercez une activité sous le régime de la micro-entreprise et vous souhaitez connaître votre indemnisation en cas d’arrêt maladie et d’invalidité ? Conditions, montants, délais de carence, imposition… Voici tout ce que vous devez savoir sur vos prestations, selon le régime de protection sociale auquel vous êtes affilié. 

Comment fonctionne la protection sociale des auto-entrepreneurs ?

Les auto-entrepreneurs (rebaptisés micro-entrepreneurs depuis 2016) disposent de deux régimes obligatoires de protection sociale distincts. Leur affiliation dépend de la nature et de la date de création de leur activité : 

  • Les auto-entrepreneurs qui exercent une activité d’achat-revente de biens et marchandises, de fourniture de logement, de prestations de services artisanales et commerciales, et d’activités libérales (conseil, formation, traduction…) créée avant 2018, sont affiliés à la Sécurité sociale des indépendants (SSI), pour les prestations maladie, invalidité-décès et retraite. La SSI a remplacé le Régime social des indépendants (RSI) supprimé en 2018, 

  • Les auto-entrepreneurs qui ont créé leur activité libérale avant 2018 et qui n’ont pas souhaité être rattachés à la SSI continuent d’être affiliés à la Caisse interprofessionnelle d’assurance vieillesse (Cipav) pour les prestations invalidité-décès et retraite. En revanche, leur couverture maladie relève de la SSl. 

Quels sont les taux de cotisations 2024 ?

Les taux de cotisations sociales des micro-entrepreneurs dépendent de la nature de leur activité. Certains d’entre eux vont connaître une augmentation à partir du 1er janvier 2015. 

 

Activité Taux global
Achat-revente de marchandises (BIC)  12,3 % au 1er juillet 2024  
Prestations de services commerciales et artisanales (BIC)  21,2% 
Autres prestations de services (BNC) et professions libérales non règlementées (BNC) 

23,1 % 

24,6 % au 1er janvier 2025 

26,1 % au 1er janvier 2026 

Professions libérales affiliées à la Cipav (BIC ou BNC)  23,2 % 
Location de meublés de tourisme classés  6 % 

Source : Urssaf 

Comment sont calculées les indemnités journalières en cas d’arrêt maladie pour les indépendants ?

Les conditions pour bénéficier des indemnités journalières

En cas d'arrêt de travail à la suite d’une maladie ou d’un accident non professionnel, vous pouvez percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS). Il s’agit d’une prestation versée par la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) de votre lieu de résidence. Les IJSS visent à compenser votre perte de revenus professionnels. 

Pour bénéficier des IJSS, il vous faut :   

  • être affilié à un organisme de Sécurité sociale depuis au moins 12 mois ;  
  • disposer d’un arrêt de travail prescrit par un médecin ; 
  • cesser votre activité durant l’arrêt de travail. 

Si vous exercez votre activité d’auto-entrepreneur depuis moins de 12 mois mais que vous avez été salarié ou demandeur d’emploi indemnisé par France Travail (ex-Pôle Emploi) au préalable, votre période d’affiliation à la Sécurité sociale peut être intégrée dans vos droits d’indemnisation en cas d’arrêt maladie, à la condition qu’il n’y ait pas eu d’interruption entre les deux affiliations.   

 

Le montant des indemnités journalières

Le montant de l'indemnité journalière versée correspond à 1/730e de votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM) des trois dernières années civiles, après application d’un abattement forfaitaire. Cet abattement varie selon la nature de votre activité. Il s’élève à :  

  • 71 % pour l'achat-revente de marchandises (BIC) ; 
  • 50 % pour les prestations de services artisanales et commerciales (BIC) ; 
  • 34 % pour les autres prestations de services et les activités libérales (BNC). 

Vous devez justifier d’un RAAM supérieur ou égal à 4 208,80 euros par an en 2024 pour percevoir des IJSS. 

Les montants minimum et maximum des indemnités journalières (IJ) varient selon votre régime d’affiliation. 

Pour les auto-entrepreneurs affiliés à la SSI (montants 2024) : 

  • IJ minimum : 5,765 euros par jour ; 
  • IJ maximum : 63,52 euros par jour. 

Pour les auto-entrepreneurs affiliés à la Cipav : 

  • IJ minimum : 25,41 euros par jour ; 
  • IJ maximum : 190,55 euros par jour.
  •  

Le versement des indemnités journalières

Les indemnités journalières sont versées sous trois jours. Cela signifie que vous serez indemnisé seulement à compter du 4e jour d’arrêt de travail.  

  • Vous bénéficiez d'une prolongation de votre arrêt de travail, après une reprise d'activité de 48 heures maximum entre la fin de votre arrêt initial et le début de l’arrêt de prolongation. 
  • Si votre arrêt est dû à une affection de longue durée (ALD), tel qu’un diabète, une hypertension, une insuffisance cardiaque ou un cancer, le délai de carence est retenu uniquement pour le premier arrêt de travail (valable sur une période de trois ans) ;  
  • Si vous êtes en arrêt de travail à la suite d’une interruption spontanée de grossesse (fausse couche)., le délai de carence de trois jours est supprimé. 

Les indemnités journalières sont versées par la CPAM tous les 14 jours en moyenne.  

Auto-entrepreneur en arrêt maladie : la durée de versement de l'indemnité journalière

La durée de versement des indemnités journalières varie en fonction du type d'arrêt de travail que votre médecin traitant vous a prescrit.  

  • Dans le cadre de plusieurs arrêts de travail inférieurs à six mois, vous pouvez bénéficier d’une indemnité journalière versée par l’Assurance maladie pendant au maximum 360 jours pour une activité à temps complet (ou 90 jours pour une activité en temps partiel thérapeutique) sur une période de trois ans.  
  • Dans le cadre de plusieurs arrêts de travails supérieurs à six mois (pour chacun), vous pouvez bénéficier au maximum de trois ans de versement d’indemnités journalières pour une activité à temps complet (ou 270 jours pour un temps partiel thérapeutique) par arrêt. Pour le temps partiel thérapeutique, vous devez justifier d’un arrêt maladie mentionnant soit une ALD, soit des soins de longue durée (SLD). 

Comment déclarer et où envoyer son arrêt de travail quand on est auto-entrepreneur ?

Comme tous les assurés, vous devez envoyer dans les 48 heures les deux premiers volets de votre arrêt de travail à votre CPAM. Vous trouverez l’adresse sur votre notification d’affiliation au régime de la micro-entreprise.   

À savoir : lorsque vous êtes arrêté, vous devez suspendre totalement votre activité d’auto-entrepreneur et respecter les heures de présence obligatoire au domicile (de 9h à 11h et de 14h à 16h), sauf autorisation préalable de votre médecin, qui sera inscrite sur l’arrêt de travail. 

Comment déclarer ses indemnités journalières aux impôts en tant qu’auto-entrepreneur ?

Les indemnités journalières sont assujetties aux contributions sociales : 

  • 6,2 % de contribution sociale généralisée (CSG) ; 

  • 0,5 % de contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS). 

Les IJ sont également soumises à l'impôt sur le revenu (IR), sauf celles qui sont versées pour des arrêts de travail dus à une affection de longue durée (ALD).  

À noter : Depuis le 1er janvier 2019, le prélèvement à la source de l’IR s'applique sur les IJ en fonction d’un taux d’imposition calculé et transmis automatiquement par l’administration fiscale à l’Assurance maladie. 

Auto-entrepreneur : complétez la protection sociale de votre régime obligatoire

La prévoyance des travailleurs non salariés (TNS) est une protection sociale facultative qui complète celle du régime obligatoire. La Sécurité sociale prévoit en effet des indemnités pour chacun des risques (maladie, arrêt de travail, invalidité, décès) mais ne couvre pas totalement le manque à gagner pour les assurés ou leurs proches.  

À la différence de la mutuelle santé, dont le rôle est de compléter le remboursement par la Sécurité sociale des dépenses de santé (consultations, médicaments, examens médicaux, optique, dentaire, audiologie, hospitalisation…), la prévoyance permet de compenser tout ou partie de votre perte de revenus professionnels à la suite d’un arrêt de travail (incapacité temporaire) ou d’une invalidité (incapacité permanente totale ou partielle). 

Comment augmenter votre niveau de couverture santé ?

Les indemnités prévues en cas d’arrêt de travail ou d’invalidité peuvent être insuffisantes pour maintenir votre niveau de vie. Un contrat prévoyance constitue une option intéressante pour vous protéger et mettre votre foyer à l’abri des aléas de la vie.   

En cas d’arrêt de travail ou d’invalidité, une solution de prévoyance viendra compléter les indemnités de la Sécurité sociale. Vos revenus peuvent même être maintenus en intégralité. En cas de décès, une assurance prévoyance prévoit le versement d’un capital ou d’une rente à votre conjoint et/ou vos enfants. 

Bon à savoir : Avec la loi Madelin, les travailleurs non salariés (TNS), sous certaines conditions, peuvent déduire de leur revenu professionnel, les cotisations versées dans le cadre de leur contrat de prévoyance. En tant que micro-entrepreneur, vous n'avez pas le droit à cet avantage fiscal puisque vous bénéficiez déjà d'un abattement forfaitaire.

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