Il existe trois types de congés maladie pour les fonctionnaires. Le plus courant est le CMO, congé maladie ordinaire. Le CMO, valable pendant 6 mois consécutifs et renouvelables 6 mois maximum, permet au fonctionnaire un maintien de salaire total pendant les trois premiers mois. Si le CMO se prolonge, sa rémunération brute, aussi appelée traitement indiciaire, est réduite de moitié (pendant neuf mois maximum).
Le congé de longue maladie, ou CLM, est accordé à un fonctionnaire sur avis du comité médical. Une maladie invalidante et des soins prolongés en sont généralement à l’origine. L’administration fixe la durée du CLM, de 3 à 6 mois renouvelables sur une période maximum de 3 ans. Le fonctionnaire reçoit l’intégralité de son traitement indiciaire pendant un an, puis la moitié les deux années suivantes.
Enfin, le CLD, congé de longue durée, est octroyé à un agent public en cas de maladie grave (cancer, maladie mentale, déficit immunitaire…) sous réserve de l’accord du comité médical. Le CLD est soumis à des contrôles médicaux réguliers pour vérifier l’évolution de l’état de santé du malade.
Le congé de longue durée est valable 5 ans, par périodes de 3 à 6 mois. Il peut être étendu à 8 ans si la maladie a été contractée dans le cadre du travail du fonctionnaire. Ce dernier reçoit 100% de son traitement indiciaire les trois premières années, puis 50% les 2 suivantes. Pour un CLD de 8 ans, le fonctionnaire perçoit sa rémunération complète pendant 5 ans et la moitié pendant 3 ans.