En activité partielle, le salarié peut bénéficier d’un arrêt maladie. S’il tombe malade alors qu’il est en activité partielle, le dispositif d’activité partielle se suspend le temps de l’arrêt. À l’inverse, si l’activité partielle est mise en place alors qu’un salarié est malade, ce dernier finit son arrêt maladie avant de bénéficier du dispositif d’activité partielle.
Dans les deux cas, le complément aux indemnités journalières de la sécurité sociale versé par l’employeur pendant l’arrêt maladie doit être ajusté pour que l’employé touche le même montant que l’indemnité d’activité partielle.
Lorsqu’un salarié est en arrêt de travail dérogatoire pour garde d’enfants, cela dépend en revanche de la situation de l’entreprise. Si l’établissement où il travaille ferme, le dispositif d'activité partielle prévaut sur les arrêts de travail pour garde d’enfants. Si le salarié est déjà arrêté lorsque l'activité partielle est mise en œuvre, l’employeur peut exceptionnellement le laisser aller au terme de leur arrêt de travail.
Si l’activité partielle est associée à une réduction du temps de travail, le salarié ne peut pas cumuler l’arrêt de travail dérogatoire avec le dispositif d’activité partielle. Une fois l’activité partielle mise en œuvre, il ne peut pas être arrêté pour garde d’enfants. À l’inverse, s’il est déjà arrêté pour ce motif, l’employeur ne peut pas le placer en activité partielle.