Indemnités de prévoyance : sont-elles imposables en ALD ?

• Les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale au titre d'une ALD exonérante sont, en principe, totalement exonérées d'impôt sur le revenu.
• Les indemnités complémentaires versées par un organisme de prévoyance (contrat collectif d'entreprise) restent, elles, généralement imposables, même si vous êtes en ALD.
• Cette différence s'explique par l'origine du financement : les cotisations de prévoyance collective n'ont pas été soumises à l'impôt à l'entrée, donc les prestations le sont à la sortie.
• Les indemnités versées dans le cadre d'une prévoyance individuelle facultative, non déduite fiscalement, peuvent en revanche être exonérées.
• Il existe une distinction médicale et fiscale entre ALD « exonérante » et ALD « non exonérante » : seule la première ouvre droit à l'exonération des IJSS.

Qu'est-ce qu'une affection de longue durée (ALD) ?

Une affection de longue durée est une maladie grave ou chronique reconnue par l'Assurance Maladie, nécessitant un traitement prolongé et une prise en charge thérapeutique particulièrement coûteuse (cancers, diabète, sclérose en plaques, certaines pathologies cardiovasculaires…). Cette reconnaissance, prononcée sur avis du médecin traitant, ouvre droit à des avantages spécifiques, à la fois sur le plan des remboursements de soins et sur le plan fiscal.

ALD exonérante et ALD non exonérante : une distinction qui change tout pour la fiscalité

Toutes les ALD ne se valent pas du point de vue administratif :

• Une ALD exonérante (liste des 30 affections, ALD « hors liste » ou polypathologies) ouvre droit à une prise en charge à 100 % gratuite des soins directement liés à la pathologie, sur la base du tarif de la Sécurité sociale.
• Une ALD non exonérante ne donne pas droit à cette exonération du ticket modérateur : les frais restent partiellement à votre charge, comme pour une maladie classique. Cette distinction médicale a une portée directe sur la fiscalité de vos indemnités journalières, comme nous le verrons plus loin : seule l'ALD exonérante ouvre droit à l'exonération d'impôt sur les IJSS.

Indemnités journalières de la Sécurité sociale et indemnités complémentaires de prévoyance : ne pas confondre

Pendant un arrêt de travail lié à une ALD, vous pouvez percevoir deux types de sommes, souvent confondues :

• Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS), versées par votre caisse d'assurance maladie (CPAM), calculées sur la base de votre salaire et plafonnées.
• Les indemnités complémentaires de prévoyance, versées par un organisme de prévoyance (comme AG2R LA MONDIALE) dans le cadre d'un contrat collectif souscrit par votre employeur, ou d'un contrat individuel, pour compléter le manque à gagner laissé par la Sécurité sociale.

Ce sont deux flux financiers distincts, versés par deux organismes différents, et c'est le point essentiel de cet article soumis à deux régimes fiscaux différents.

Le principe : une exonération totale d'impôt sur le revenu

Contrairement aux indemnités journalières « classiques » (maladie ordinaire, maternité), qui sont imposables au même titre qu'un salaire, les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale au titre d'une ALD exonérante sont totalement exonérées d'impôt sur le revenu. C'est l'une des rares exonérations totales prévues par le code général des impôts pour un revenu de remplacement.

Le cadre légal : articles 80 quinquies et 154 bis A du Code général des impôts

Cette exonération découle de deux textes :

• L'article 80 quinquies du CGI, pour les salariés, qui exclut explicitement de l'impôt « les indemnités qui sont allouées à des personnes atteintes d'une affection comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse » la définition même de l'ALD exonérante.
• L'article 154 bis A du CGI, qui étend ce principe aux travailleurs indépendants.

À ne pas confondre avec le régime des indemnités versées aux victimes d'accidents du travail ou de maladies professionnnelles, qui ne sont exonérées qu'à hauteur de 50 % de leur montant : le régime ALD est plus favorable.

Pour rappel, cette exonération ne joue que pour les ALD exonérantes. Si votre ALD est qualifiée de « non exonérante », vos indemnités journalières suivent le régime fiscal de droit commun et restent imposables.

Bon à savoir : un sujet débattu lors du budget 2026. Cette exonération a fait l'objet d'un vif débat lors de l'examen du budget de l'État pour 2026 : le gouvernement avait proposé sa suppression, avant que les députés ne la rejettent, puis qu'un compromis à 50 % proposé par le Sénat ne soit finalement écarté du texte définitif. L'exonération totale reste donc, à ce jour, le droit applicable mais ce point peut faire l'objet de nouvelles discussions lors d'un prochain budget. Il est conseillé de vérifier l'actualité fiscale chaque année.

Le principe : des indemnités imposables, même en ALD

C'est ici que se situe le principal piège : l'exonération qui s'applique aux IJSS ne s'étend pas, en principe, aux indemnités complémentaires versées par votre organisme de prévoyance. Que vous soyez en ALD exonérante ou non, les indemnités complémentaires perçues dans le cadre d'un contrat collectif d'entreprise obligatoire ou mis en place par convention collective, accord de branche ou décision de l'employeur restent soumises à l'impôt sur le revenu suivant les règles applicables aux traitements et salaires. Il en va de même pour une rente d'invalidité versée par ce même contrat.

Pourquoi ce traitement fiscal différent de celui des IJSS ?

Cette différence s'explique par un principe de symétrie fiscale. Dans un contrat de prévoyance collectif obligatoire, les cotisations versées par l'employeur et le salarié sont exclues du revenu imposable de ce dernier, dans la limite de 5 % du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS) majoré de 2 % de la rémunération annuelle brute. Autrement dit : ces cotisations n'ont pas été imposées à l'entrée. En contrepartie, les prestations versées en cas de sinistre y compris en cas d'ALD sont, elles, imposées à la sortie, car elles constituent un revenu de remplacement.

L'exception : la prévoyance individuelle facultative

Le raisonnement s'inverse pour un contrat de prévoyance individuelle, souscrit à titre facultatif par un particulier sans déduction fiscale sur les cotisations. Dans ce cas, les indemnités ou rentes versées sont en principe exonérées d'impôt sur le revenu et de cotisations sociales, puisque les cotisations n'ont, là non plus, ouvert droit à aucun avantage fiscal à l'entrée.

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale exonérées

Lorsque vos IJSS sont exonérées au titre d'une ALD exonérante, vous n'avez en principe rien à faire de particulier : ces sommes ne doivent pas être réintégrées dans votre revenu imposable. Il est toutefois utile de vérifier votre relevé de compte annuel personnel transmis par votre caisse d'assurance maladie, ainsi que votre déclaration préremplie sur le service public impots.gouv.fr, pour vous assurer que ces montants n'apparaissent pas par erreur dans vos revenus imposables.

Les indemnités complémentaires de prévoyance imposables

À l'inverse, les indemnités complémentaires versées par votre organisme de prévoyance sont, sauf exception, imposables et doivent être déclarées avec vos traitements et salaires. En pratique, ces montants sont le plus souvent transmis par l'organisme de prévoyance à l'administration fiscale (via la déclaration sociale nominative) et apparaissent déjà préremplis sur votre déclaration ; le prélèvement à la source a généralement déjà été appliqué sur ces sommes au moment du versement. Il reste recommandé de comparer ces montants préremplis avec l'attestation fiscale annuelle transmise par votre organisme de prévoyance.

Les justificatifs à conserver

• Pour sécuriser votre déclaration, conservez : le relevé annuel de la CPAM mentionnant vos indemnités journalières et leur caractère imposable ou non ;
• l'attestation fiscale annuelle envoyée par votre organisme de prévoyance, qui précise le montant imposable des indemnités complémentaires perçues ;
• la notification de reconnaissance d'ALD, et le cas échéant, la mention « exonérante » ou « non exonérante ».